绩效目标是城乡冷链和国家物流枢纽专项项目管理的核心环节。福建厦门仓储物流城乡冷链和国家物流枢纽项目在绩效目标设定方面形成了可复制的经验做法。如农产品产地冷链集配中心、城市冷链配送中心等，项目绩效考核结果连续两年获评优秀。
福建厦门项目的产出指标涵盖仓储物流设施建设规模、建设质量和工期进度三个维度。如农产品产地冷链集配中心、城市冷链配送中心等，各项产出指标均与城乡冷链和国家物流枢纽专项的考核要求一一对应。
效益指标方面，项目设定了社会效益、经济效益和生态效益三类指标。如农产品产地冷链集配中心、城市冷链配送中心等，福建厦门仓储物流城乡冷链和国家物流枢纽项目的效益指标体系具有较强的示范性，已作为福建仓储物流领域的绩效管理标杆。
