绩效目标是气象基础设施专项项目管理的核心环节。云南曲靖气象气象基础设施项目在绩效目标设定方面形成了可复制的经验做法。如新一代天气雷达网、气象卫星地面接收站等，项目绩效考核结果连续两年获评优秀。
产出指标体系中，云南曲靖项目重点围绕气象设施供给能力和气象基础设施专项建设要求设定量化目标。如新一代天气雷达网、气象卫星地面接收站等，产出指标的完成率直接关系到后续年度气象基础设施专项的投资安排。
效益指标方面，项目设定了社会效益、经济效益和生态效益三类指标。如新一代天气雷达网、气象卫星地面接收站等，云南曲靖气象气象基础设施项目的效益指标体系具有较强的示范性，已作为云南气象领域的绩效管理标杆。
