绩效目标是国土生态修复专项项目管理的核心环节。新疆乌鲁木齐环境保护国土生态修复项目在绩效目标设定方面形成了可复制的经验做法。如矿山生态修复工程、荒漠化综合治理等，项目绩效考核结果连续两年获评优秀。
产出指标体系中，新疆乌鲁木齐项目重点围绕环境保护设施供给能力和国土生态修复专项建设要求设定量化目标。如矿山生态修复工程、荒漠化综合治理等，产出指标的完成率直接关系到后续年度国土生态修复专项的投资安排。
新疆乌鲁木齐环境保护国土生态修复项目的效益考核结果令人满意：社会效益指标全部达标，经济效益指标超额完成，如矿山生态修复工程、荒漠化综合治理等。绩效考核优秀等级为新疆争取后续年度国土生态修复专项投资赢得了有利条件。
